债券质押式回购交易实行“一次成交、两次结算”。在回购到期二次结算时，到期结算价格等于每百元资金的本金加利息，回购利息计价天数根据质押式回购品种的固定期限确定，具体为1日、2日、3日、4日、7日、14日、28日、91日和182日。由于交易所回购交易采用T+1资金交收的多边净额结算制度，在周末及节假日来临前，回购交易的实际资金占用天数与现行回购计价天数往往存在不一致的情况。
　　例如，资金融入方在2016年12月29日周四进行了一笔1天期回购融资交易，周五获得资金，下周一（2017年1月2日）偿还资金，又因周一当天恰逢元旦假期，顺延至周二偿还资金，因此，在2016年12月29日（周四）进行的1天期回购实际资金占用天数为4天（周五、周六、周日、周一假期），但交易所回购资金利率按照回购品种的固定期限计算，在到期购回时，12月29日成交的该笔的1天期回购利率仍按照1天计算（假设1天期回购利率为3%，但由于资金占用天数为4天，投资者将自发调整利率报价，以覆盖该笔交易的资金占用成本，回购利率报价会调整为3%×4=12%），因此会出现明显的“周四效应”及“节假日效应”，导致2016年12月29日成交的1天期质押式回购的名义利率都较高。

　　交易所质押式回购利率由市场回购资金的供给与需求双方决定，同时受交易所市场特有的投资者结构、交易方式等多重因素影响。目前参与深市回购业务的投资者群体中，个人投资者累计融出金额占总逆回购交易量的80%以上，分散的个人投资者在连续竞价的过程中逐笔成交形成利率。在此情形下，若市场遇偶发流动性紧张增加资金需求，非银机构以较高成本融资的意愿增强，将会导致交易所市场回购利率迅速做出反应。以2016年12月27日为例，在收盘前最后15分钟，回购利率在15%以上的成交笔数上万笔，每笔成交金额平均在5万元左右，分散的个人投资者逐笔融出资金，面对当日机构大额资金需求时，较易推高成交利率，回购利率在当天交易最后15分钟内最高报价21%。但在大部分交易日中，因收盘前15分钟，股票市场、期货市场、外汇市场等各类市场也即将闭市，融入资金的需求在下降，而资金供给也往往会增加，导致回购利率在收盘前多见底。

　　2015年底以来，从防范和降低交易所债券市场系统性风险出发，交易所、中国结算公司从多个方面持续加强和完善债券质押式回购风险管理工作，具体措施包括：建立并稳妥推进了质押券折算率动态调整工作，进一步提高了质押券精细化风险管理水平；新修订出台了《标准券折算率（值）管理办法》和《质押式回购资格准入标准及标准券折扣系数取值业务指引》，大幅降低了信用类债券，特别是低等级信用类债券的折扣系数；引入了第三方债券估值，进一步提高了质押券担保盯市管理的有效性；发布了《债券质押式回购交易结算风险控制指引》，构建从投资者、参与机构到交易、结算机构全方位、立体有效的债券回购风险管理体系。上述风险管理措施既有针对质押券信用风险、价格风险、流动性风险、集中度风险等的精细化管理，也强调抑制和降低回购杠杆、优化质押券入库结构等目的，以达到扶优限劣、精细管理、防范系统性风险的目的。下一步，交易所、中国结算公司将密切配合，加强培训，引导市场参与者有序开展质押式回购业务，促进交易所债券市场长期健康发展。